黔南州辖地历史源远流长,自古以来就是少数民族先民居住的区域。据文献资料记载,早在殷、周时期,境内就已有许多部族活动,分属牂牁、夜郎等方国,在现黔南州福泉市还保存着古夜郎国唯一的遗迹“竹王城”。秦汉时期,州境为象郡、牂牁郡所属的且兰、母敛等县。唐朝之后,中央封建王朝加强对少数民族地区的统治,唐宋元明时期,在州境内设立了羁縻府、州、县、峒、卫、所。元代黔南开始推行土司制度,境内分属八番顺元等处宜慰都元帅府、都云定云安抚司、新天葛蛮安抚司、播州宜慰司和庆云南丹安抚司,至明代贵州建省前,黔南地域主要设置了卫所军事机构,黔南分属于贵州卫、龙里卫、平越卫、都云卫、新添卫、定番州、广顺卫等。明弘治年间,贵州推行“改土归流”,部分土司统治地区改设府(县)。如都匀府、新贵县、贵定县和荔波县等。雍正四年,清政府在黔南境内强行大规模推行“改土归流”,废除土司世袭的安抚司、长官司等,代之以流官统治,撤消“卫所”等军事地域,将其并入府州厅县等行政区域,黔南地区分属于贵阳府、都匀府、独山府和平越府。民国3年(1914 ) ,将清代的府、州、厅、县一律改称县。1935 年,国民党中央军进入贵州后,改组了省政府,改设行政督察区,黔南州地域分属于第一、第七和第十一行政督察区。1948年,全省又重新划分为7个行政督察区及省直辖区。今黔南州地域内的惠水、长顺、龙里、贵定4县隶省直辖区;独山、平塘、罗甸、荔波、都匀、三都、平越7县隶第二行政督察区,专员公署驻独山;瓮安县隶第五行政督察区,专员公署驻遵义。
1949年11月15日,中国人民解放军解放都匀县城,随即成立独山专区,专员公署设于都匀县城,辖民国时期的第二行政督察区的12个县,即都匀、独山、平塘、罗甸、三都、荔波、平越、麻江、丹寨、黎平、榕江、从江,当时的瓮安、贵定、龙里、惠水和长顺5县隶属贵阳专区。1952年,独山专区改称都匀专区,贵阳专区改称贵定专区,专员公署移驻贵定县,撤消惠水县,改设惠水县夷族苗族自治区。 1953年6月,平越县改称福泉县。1954年,惠水县夷族苗族自治区改称惠水县布依族苗族自治区,这是黔南境内设置的第一个民族自治区。同年,罗甸县也改称罗甸布依族自治区。至黔南布依族苗族自治州成立前夕,都匀、三都、独山、平塘、荔波、福泉 6 县隶属都匀专区;贵定、龙里、瓮安、长顺、惠水、罗甸 6 县隶属贵定专区。
1956年8月8日黔南布依族苗族自治州正式成立。同时,撤销都匀、贵定二专区,将原都匀专区所属望谟、册亨、安龙、贞丰 4 县,原贵定专区所属罗甸、长顺、惠水 3 县及原属安顺专区的紫云、镇宁2县划入黔南布依族苗族自治州,全州共辖 14 县。1957年1月2日,由三都县及荔波、都匀、榕江、独山等县部分地区合并设立三都水族自治县,黔南布依族苗族自治州辖13县、1个自治县。1958年,撤销都匀县,改设都匀市。自治州人民委员会驻地都匀市。将惠水县划归贵阳市,安龙、镇宁2县划归安顺专区,原属安顺专区的瓮安、贵定2县划入黔南布依族苗族自治州。撤销荔波县并入独山县;撤销平塘县并入兴仁县;撤销册亨县并入安龙县。黔南布依族苗族自治州辖1市、11县、1个自治县。1961年,恢复荔波、平塘、紫云、龙里、福泉等5县。黔南布依族苗族自治州辖1市、11县、1自治县。1962年,撤消都匀市恢复都匀县。黔南布依族苗族自治州辖12县、1自治县。1963年,原属贵阳市的惠水县和原属安顺专区的贞丰、册亨、安龙3县划入黔南布依族苗族自治州,辖16县、1自治县。1965年,将贞丰、册亨、安龙、望谟4县划归兴义专区.紫云县划归安顺专区。黔南布依族苗族自治州辖11县、1个自治县。1966年,复设都匀市。黔南布依族苗族自治州人民委员会驻都匀市,辖1市、11县、1自治县。1996年,撤消福泉县设立福泉市,以原福泉县的行政区域为福泉市的行政区域。
截至目前,黔南布依族苗族自治州辖2个县级市、9个县、1个自治县:都匀市、福泉市、荔波县、贵定县、瓮安县、独山县、平塘县、罗甸县、长顺县、龙里县、惠水县、三都水族自治县。州人民政府驻地都匀市。